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    費(fèi)氏弧菌發(fā)光桿菌鑒定遇到的問(wèn)題

    點(diǎn)擊次數(shù):1171  更新時(shí)間:2017-08-22

    1.費(fèi)氏弧菌發(fā)光桿菌鑒定的方法和步驟是什么?

    菌種鑒定一般就只要提取基因組DNA,然后PCR擴(kuò)增16srDNA上GeneBank或者Eztaxon對(duì)比即可。一般序列相似度在97%以上就可以認(rèn)為是同種細(xì)菌(當(dāng)然也有例外,DNA序列僅僅是一個(gè)參考指標(biāo))。

    2. 微生物的菌種鑒定可以鑒定到“株”一級(jí)嗎?

    如果你的菌株是自然界中分離得到,就只能鑒定到種,不能鑒定到株,因?yàn)槎喽嗌偕俸推渌晗档募?xì)菌有區(qū)別,即便你做了一些特征的鑒定,發(fā)現(xiàn)和某一株細(xì)菌一模一樣,你也沒(méi)有理由說(shuō)你的細(xì)菌就是那一株細(xì)菌,因?yàn)槟悴豢赡馨阉械奶卣鞫甲鐾辏旰椭曛g的關(guān)系就相當(dāng)于不同的人之間的關(guān)系,世界上不可能有*相同的兩個(gè)人。除非你知道你的細(xì)菌本來(lái)就是某一株細(xì)菌擴(kuò)增出來(lái)的(而且要保證沒(méi)有變異,否則就是一個(gè)新株),可是這樣就沒(méi)必要鑒定了。

    3.為什么鑒定出來(lái)的菌種跟我想象的相差太大?

    答:我們菌種鑒定使用PCR直接擴(kuò)增的方法,即以客戶(hù)提供的菌株為模版直接進(jìn)行PCR擴(kuò)增,中間不經(jīng)過(guò)傳代培養(yǎng),因此不會(huì)引入新的污染,如果出現(xiàn)結(jié)果不一致的情況,一般有以下原因?qū)е拢?/p>

         1、您提供的樣品未經(jīng)過(guò)三次分離純化,含有其他雜菌;

         2、您提供樣品的情況確認(rèn)如此。

    建議您提供三次純化的菌株重新進(jìn)行鑒定。

    4.為什么有時(shí)會(huì)出現(xiàn)PCR擴(kuò)增不出的現(xiàn)象;

    答:擴(kuò)增不出的原因主要有以下幾種:

         1、您提供的菌種從嚴(yán)格意義上講不是細(xì)菌或者真菌,或者是信息有誤;

         2、您提供的菌種為革蘭氏陽(yáng)性菌,由于細(xì)胞壁較厚,采用常規(guī)方法不能有效地破壁;

         3、培養(yǎng)基或菌體中表達(dá)產(chǎn)物含有抑制PCR產(chǎn)物的組份。對(duì)于第二種或第三種情況需要提供基因組DNA。

         5.PCR擴(kuò)增直接測(cè)序?yàn)槭裁磿?huì)出現(xiàn)套峰的現(xiàn)象;

    答:1、測(cè)序結(jié)果個(gè)別堿基出現(xiàn)N,是由細(xì)菌rDNA多態(tài)性造成,對(duì)菌種鑒定沒(méi)有無(wú)影響;

         2、所有測(cè)序反應(yīng)均出現(xiàn)大面積套峰,是由于您提供的樣品模版不純?cè)斐傻摹?/p>

    費(fèi)氏弧菌發(fā)光桿菌這種情況需要重新純化菌種。

    6.PCR產(chǎn)物克隆測(cè)序?yàn)槭裁磿?huì)出現(xiàn)結(jié)果分離的現(xiàn)象?

    答:我們以菌種為模版直接進(jìn)行PCR擴(kuò)增,然后對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行克隆測(cè)序,如果出現(xiàn)2種或以上的測(cè)序結(jié)果,說(shuō)明您提供的模版不單一,即菌種不純,含有其他雜菌,這種情況建議您將菌種重新進(jìn)行三次以上純化。

    7.菌種鑒定可以鑒定到種嗎?

    答:利用rRNA的保守區(qū)域進(jìn)行鑒定只是菌種鑒定的一個(gè)分子生物學(xué)指標(biāo),通過(guò)鑒定結(jié)果可以了解未知菌株和NCBI公布序列的哪個(gè)種屬比較接近。如果費(fèi)氏弧菌發(fā)光桿菌鑒定至種,還需要DNA雜交、基因組GC含量、生理生化指標(biāo)等來(lái)綜合判斷。
    YSRIBIO245    Scopoletin    東莨菪內(nèi)酯標(biāo)準(zhǔn)品    92-61-5     20mg    
    YSRIBIO246    Scopolamine Hydrobromide     氫溴酸東莨菪堿標(biāo)準(zhǔn)品    6533-68-2     250mg    
    YSRIBIO247    Saquinavir Related Compound A    沙奎拉韋相關(guān)物質(zhì)A標(biāo)準(zhǔn)品        25mg    
    YSRIBIO248    Saquinavir Mesylate     甲磺酸沙奎拉韋標(biāo)準(zhǔn)品    149845-06-7     200mg    
    YSRIBIO249    Salsalate     雙水楊酸酯標(biāo)準(zhǔn)品    552-94-3     150mg    
    YSRIBIO250    Salmeterol Xinafoate     昔美酸沙美特羅標(biāo)準(zhǔn)品    94749-08-3     150mg    
    費(fèi)氏弧菌發(fā)光桿菌

     

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